明朝开国之初的组织架构是在皇帝之下设立三大机构，分别为：中书省（主管行政）、大都督府（主管军事）、御史台（主管监察和司法监督）。后来开国皇帝朱元璋认为这种组织架构可能会危及到皇权，于是在洪武十三年（1380年）撤销了三大机构，并建立了一套全新的组织架构。
在行政方面，中书省被撤销后，其主管事务改由六部（吏部、户部、兵部、礼部、刑部、工部）管辖。六部在理论上处于平等地位（实际上都公认吏部是六部之首），互不统属，最高长官为尚书，官阶正二品。
吏部掌管天下文官（注：武官归兵部管）的任免、考课、升降、勋封、调动等事务。从职能来看，相当于现在的中央组织部，同时还兼部分纪委职能。
户部掌管全国田地、户籍、赋税、俸饷等财政事宜，也就是说掌握着整个国家的钱脉。从职能来看，相当于现在的民政部、财政部、国土局及央行的结合体。
兵部掌管选用武官选授考课及军制、训练、征调、镇戍、边防、军械、兵籍等军事行政事务。从职能来看，相当于现在的国防部。
礼部管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。从职能来看，相当于现在的教育部、文化部、外交部的结合体。
刑部掌管全国刑事案件，主管刑罚及监狱等政令。从职能来看，相当于现在的司法部、公检法部门的结合体。
工部掌管全国工程事务，如水利建设、宫室修缮。从职能来看，相当于现在建设部、水利部的结合体。
在军事方面，原来的大都督府一分为五个平等的都督府，即我们通常所称的五军都督府（中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府）。五军都督府的最高长官为左都督和右都督，官阶都是正一品。
五军都督府掌天下兵马大权，主导国家军事建设，每个都督府分别管辖各省的一批都指挥使司。从职能来看，相当于现在的五大战区。然而需要指出的是，从明朝中期开始，五军都督府的权限就被极大削弱。到了明朝后期，五军都督府已彻底沦为一个虚有其名的机构了。
在监察方面，御史台被撤销后设立了都察院。最高长官为左都御史和右都御史，官阶都是正二品。都察院主要负责监察、弹劾、风纪管理。从职能来看，相当于现在的中纪委。
都察院下设十三道监察御史共110人，负责全国各地的监察、纠风工作。值得一提的是，监察御史官阶仅为正七品，但他们的职责是代天子出巡，拥有“大事奏裁，小事立断”的特权。如果一名官员被发现胡作非为，御史有权直接向皇帝弹劾该官员，而不论其品级有多高。相反，如果御史发现一名官员兢兢业业工作却没有受到重视，也可以向朝廷特别举荐，从而使该名官员意外得到提升或奖励。不过，这种举荐存在着连带责任。如果受到举荐的官员在得到提升后却被发现名不副实，那么保举人也会受到惩罚，所以举荐官员一般都是非常谨慎。
六部、五军都督府、都察院，构成了明朝前期中央权力的核心。不过后来随着时代的变迁，各机构权力又发生了变化。六部之上出现了内阁，五军都督府彻底沦为“鸡肋”，都察院则大体保持不变。
