商铺违约金的计算方式主要依据合同约定进行，具体计算方式如下：
依据合同约定
商铺违约金的计算方式首先应根据双方签订的租赁合同中的明确约定执行。合同中会详细规定在何种违约情形下应支付的违约金数额及计算方式。
参照实际损失
如果合同中没有明确规定违约金数额，那么违约金的计算通常会参照实际损失进行。实际损失一般包括直接损失（如已支付的费用、成本投资等）和间接损失（如预期收益损失等）。
法定违约金比例
在某些特定情况下，如果法律或法规规定了违约金的数额、比率或幅度，那么可以参照这些法定标准进行计算。但需要注意的是，当事人之间的约定可以优先于法定标准。
法院或仲裁机构的裁定
如果合同双方对违约金的数额存在争议，且无法通过协商解决，那么可以请求人民法院或仲裁机构进行裁定。法院或仲裁机构会根据实际损失情况、违约情节等因素来判定违约金的数额。
违约金调整
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，可以适当减少。
建议
明确约定：在签订合同时，应明确规定违约金的计算方式、数额及调整机制，以避免后续纠纷。
合理设定：违约金的设定应合理，既要有威慑力，又要符合法律规定，避免过高或过低。
证据保留：在发生违约时，应妥善保留相关证据，以便在需要时能够证明实际损失和违约金的合理性。
通过以上方式，可以更加明确和合理地计算商铺违约金，确保合同双方的权益得到保障。
