非法建筑的处理方式主要包括以下几种：
责令停止建设并限期改正：
对于正在建设中的非法建筑，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会责令停止建设，并限期改正。如果违法建筑尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，则处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
限期拆除：
对于无法采取改正措施消除对规划实施影响的非法建筑，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门会限期拆除。如果违法建筑已经建设完毕且无法拆除，则予以没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
没收实物或违法收入：
对于无法拆除的非法建筑，除了限期拆除外，还可以选择没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
退还非法占用土地：
对于违法占用集体土地或农用地进行建设的行为，县级以上人民政府土地行政主管部门会责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
行政处罚与行政处分：
对于非法建筑，除了上述处罚措施外，还可以对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
在处理非法建筑时，建议相关当事人积极配合相关部门的调查和处理，主动采取改正措施，以减少不必要的法律后果。同时，对于历史和原因形成的违建，应组织相关部门进行认定，依法依规进行处理。
