综合工时申请应当在 当地劳动和社会保障局或社会保险经办机构进行。具体申请地点通常会在企业与当地劳动部门签订的综合工时制度的协议中予以明确，也可以向所在地的劳动保障监察机构或社会保险经办机构进行咨询和了解。
申请综合工时制度的企业需要满足一定的条件，并且需要提交相关的证明材料，包括申请表、考勤与工资表、申请理由等。此外，根据不同的综合计算工时工作制周期，申请地点可能有所不同：
企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制，应当向企业工商登记注册地的区县劳动和社会保障局提出申请。
企业实行以年为周期综合计算工时工作制（包括同时申请实行不定时工作制），应当向市劳动和社会保障局提出申请。
中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制，应当向劳动和社会保障部提出申请。
建议提前向当地的劳动和社会保障局或社会保险经办机构咨询具体的申请流程和所需材料，以确保申请过程顺利。
