用地指标的批准通常由以下部门负责：
1. 自然资源主管部门：根据《中华人民共和国土地管理法》第五十三条和第五十四条，建设单位应向有批准权的县级以上人民政府自然资源主管部门提出建设用地申请，并由自然资源主管部门审查后报本级人民政府批准。
2. 城乡规划主管部门：在建设项目位置和范围符合城乡规划的法定凭证方面，建设单位应向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出建设用地规划许可申请，由该部门依据控制性详细规划核定建设用地的位置、面积、允许建设的范围，并核发建设用地规划许可证。
3. 人民政府：对于基本农田、超过一定面积的耕地和其他土地，由国务院和省级人民政府进行审批。
4. 相关部门：在特定情况下，如公路建设项目用地指标，会由特定的主编部门和批准部门联合发布，如1999年北京公路建设项目用地指标由中华人民共和国交通部主编，中华人民共和国建设部和国土资源部批准。
5. 地方人民政府：对于村民住宅用地等，一般由乡（镇）人民政府的土地管理部门批准，依据土地利用总体规划和村镇建设规划等进行审批。
请根据具体情况向相应的主管部门申请用地指标批准
