公司合并时开票需要遵循以下步骤和注意事项：
发票领购与开具
合并前两个公司都应确保具有合法的发票领购资格，并按照《中华人民共和国发票管理办法》的规定领用和开具发票。
合并过程中，各方应继续按照正常业务流程开具和接收发票，直至合并完成。合并完成后，新成立的公司应继承原公司的发票领购资格和未使用的发票。
合并过程中的发票处理
合并各方应继续按照正常业务流程开具和接收发票，确保合并过程的透明度和合规性，避免因发票问题导致的潜在风险。
合并完成后，新公司应对合并前各公司的发票进行整理和归档，确保历史交易的完整性和可追溯性。
具体申报操作
登录电子税务局，选择“合并分立报告”进行申报。
填写《纳税人合并分立情况报告书》并提交必要材料。
确认无误后提交信息，税务机关将在1个工作日内受理，并可通过首页的办税进度及结果信息查询模块查询进度。
新办纳税人开具增值税发票注意事项
纳税人应在互联网连接状态下在线使用增值税发票管理系统开具发票。
新办理增值税一般纳税人等级的纳税人，自首次开票之日起3个月内不得离线开具发票。
合并开票的解决方案
使用专门的工具如标普云数票通，可以提供灵活的合并开票解决方案，满足企业个性化的合并开票需求。
这些工具通常支持多维度组合，能够处理同一订单中多个商品明细的合并开票，并支持合并备注开票功能。
特殊情况的发票处理
在母公司吸收合并子公司的过程中，涉及的不动产和设备选择适用不征收增值税的，可以按特定编码开具不征税发票，税率栏应填写“不征税”。
联合体中的税票开具
联合体双方应按权益比例共同开具工程发票，发包方根据开具发票的金额分别支付给主办方和成员方，供应商按照总包发票的比例开具发票。
综上所述，公司合并时开票需要确保合法合规，遵循相关法规，并使用适当的工具进行高效处理。在合并完成后，新公司应继承原公司的发票资格并整理归档所有发票，确保历史交易的完整性和可追溯性。
